秘书处是协会处理日常会务的常设机构。协会自1993年10月29成立，同时成立了秘书处，会址及办公地点最早设在城区向阳路侨务楼，当时的会长为连阿荣先生，秘书长为陈锡辉先生。1995年3月，协会迁址到大朗镇政府，于大朗镇政府写字楼五楼办公。1997年7月1日协会迁至东城区东顺楼，2013年12月迁入环球经贸中心（台商大厦）。

协会自成立至今共有六位秘书长担任秘书处大家长，分别是陈锡辉、邓惠林、陈明致、赵维南、温智谋、颜士伟，现任秘书长为颜士伟。秘书处工作人员也从协会筹备及创立时期的只有一个到现在近20个，部门机构也从无到有，从只有行政事务部，继而增设编辑部，而后成立马上办中心、企划中心，形成部门齐全、分工精细、架构完整的组织体系。2002年7月2日，协会秘书处正式导入ISO认证管理体系。2003年8月8日，协会正式通过ISO9001（2000）IS版认证，规范的管理使东莞台协内部更增凝聚力，使协会运作更臻完善。

在日常会务工作的处理过程中，总会秘书处与32个分会秘书处有着密切联系，总会秘书处与分会秘书处两者是一个整体，一脉相承。协会信息及会务工作，由总会秘书处透过传真、邮箱、网络等信息管道传递给各分会秘书处，并转发给所有会员企业，充分发挥秘书处的桥梁作用，始终与会员乡亲保持紧密的联系。同时，总会与分会、分会与分会间也保持关密切的沟通，并透过各种形式的活动、会议，使东莞台商团结一致，为东莞台商的现在、未来共同努力。