1993年10月29日，第一批来东莞开疆辟土的台商，在东莞市人民政府、台湾事务局的协助支持下，成立东莞市台商投资企业协会，创立宗旨为：「团结、交流、服务、发展」。
协会的发展来自于政府各级领导的关怀和指导，协会更有一群热心奉献的干部，他们无私热心的付出，协会才能成为组织机构完善，功能齐全的民间社会团体。遍及东莞市32个镇街及松山湖高新区，形成一个以协会为中心，七个服务协区，由协区区长负责督导33个分会为网点的服务体系；2003年8月8日，协会正式通过ISO9001（2000）版认证，使协会运作更臻完善，成为全国会员众多，功能健全的台商协会之一。
协会初成立时会员仅360多家。截至2022年11月，台商会员2600余家。会员企业从事的行业分布广泛，主导行业以电子电器、五金塑胶、制鞋、家具、通信周边等为主。
在全体会务干部不懈努力及会员的积极参与下，协会硕果累累：
2000年9月东莞台商子弟学校诞生；2005年11月25日，东莞台商大厦隆重动土，并已于2013年年底投入使用；2009年6月22日，台心医院工程奠基，医疗大楼已于2013年年底落成启用，2014年7月医院正式营运。
在东莞市政府的支持下，协会积极争取政策扶持及税费减免、整合两岸资源，成立马上办中心，为会员排忧解难；召开政府职能部门与台商协调会，提出政策建言，成为企业与政府沟通交流的**平台。协会成立联合服务办公室，引进两岸产业服务机构，协助台商推动转型升级。并成功举办十三届东莞台湾名品博览会博会，协助会员企业实现双循环布局渠道。
协会除了做好会员服务工作外，亦扮演两岸桥梁的角色，积极推动两岸经贸文化交流，热心两岸公益活动：
1999年「9•21」台湾地震赈灾、2008年「5•12」汶川大地震爱心捐助、2009年「8•8」台湾风灾捐助、2010年「4•14」玉树震后救灾重建、2014年鲁甸地震捐助、2020年新冠疫情，协会第一时间组织会务干部捐资助物，共募集善款183万元。在吴胜丰会长等干部的积极争取下，捐献22500套防护服支持抗疫、2021年，面对河南遭遇千年一遇的暴雨造成严重的洪涝灾害，协会向全体会员企业发出赈灾倡议书，各干部、会员乡亲捐资、捐物达370多万元，为河南郑州水灾捐款、捐助东莞见义勇为基金、捐赠东莞各镇街消防车辆设备、定期举办尊老敬老活动、建设台商爱心学校、扶贫济困等，廿九载总计捐赠金额超过人民币30亿元。
新冠肺炎疫情发生以来，全市广大台资企业在做好自身防护同时，共克时艰、主动担当，坚持防疫、生产“两手抓、两促进”，为全市乃至全省全国疫情防控作出积极贡献。在推动复工复产关键时期，在市台港澳事务局及市工业和信息化局的鼎力支持与充分协调下，依据全市口罩生产和收储情况，划拨每天5万个口罩给予台资企业申购，用于保障企业复工复产。
为协助台商台胞台生能顺利返莞复工复学，市台港澳局领导积极向市政府争取，并得到中央各部委办局及广东省人民政府支持，协调香港特别行政区，香港机场，台湾航空公司及港澳码头船运等配合单位，争取台商返莞工作生活项目：项目从申请筹备到实施历时近50天，于2020年5月27日—31日期间合计成行五批次，东莞台商1326位团员顺利有序返莞。
为建构协会共同的愿景，秉承以“团结、服务、交流、发展”为宗旨的东莞台商精神。未来第十三届在陈宏钦会长的带领下，将秉承优良传统，奋发前行，推动四大工作方向重点：
一、深化落实转型升级，整合资源助力台商数位化转型，推动会员企业两化融合应用，朝专精特新企业高质量发展，助力台博会提质增效，增进台商融入双循环新发展格局，树立转型升级标杆企业，经验交流分享。
二、扩大产业发展服务，助力台商产业集群发展。用好各项惠台政策措施，引人才引技术、建构产学研合作、推动智能制造、节能减碳绿色发展；推动台商现有土地进行工改工改造，建设东莞台商特色高新技术产业园区；带动东莞台商再投资，引介全国台商投资东莞，开拓岛内台商到东莞投资建厂。
三、提升会务服务工作，建设总会及分会会务作业标准化及信息化，定期举办政策宣讲会，协助会员企业了解政策，用好用足各项政策措施；促进会员身心健康与交流，举办各项球类运动；促进会员乡亲情感交流与休闲文娱，举办各项休闲旅游活动。
四、深耕东莞回馈社会，热心参与地方公益，回馈社会造福人群，举办千人献血浆救千人；积极培养台商接班菁英，推动台青就业创业，推动莞台经济文化交流与合作，促进莞台融合发展。
东莞的投资环境具有产业集群及产业链的优势、营运成本比周边城市更具竞争力、政府的政策扶持到位、宜居的生活环境，是台商企业投资地点的**。我们将为东莞的未来共同努力，共同打拼，透过协会的桥梁纽带，服务会员乡亲，让台商们深耕东莞、情系东莞、扎根东莞；协会将与东莞市人民政府、与东莞人民携手携手打造「湾区都市质量东莞」。
