環境保護部於2018年2月22日出台了《環境保護部函關於建設專案“未批先建”違法行為法律適用問題的意見》（以下簡稱本意見），本意見結合環境保護法，就相關違法行為的行政處罰做出如下規定：
（1）關於建設專案“未批先建”的法律適用：①2015年1月1日前開建（含仍在建）的由負有環境保護監督管理職責的部門責令停止建設，處以罰款，並可以責令恢復原狀。②2016年9月1日後開工建設，或者2015年1月1日後2016年9月1日之前己經開工建設且之後仍然進行建設的，由縣級以上環境保護行政主管部門責令停止建設，根據違法情節和危害後果，處建設專案總投資額百分之一以上百分之五以下的罰款，並可以責令恢復原狀；對建設單位直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依法給予行政處分。
（2）關於違法行為在二年內未被發現的，不再給予行政處罰的追溯起算時間：“未批先建”違法行為自建設行為終了之日起二年內未被發現的不予行政處罰。
（3）關於同時構成“未批先建”和違反“三同時”驗收制度的處罰：應當分別依法作出相應處罰，同時對違反“三同時”驗收制度的處罰，不受“未批先建”行政處罰追溯期限的影響。
